หลังจากที่ย้ายมาลงหลักปักฐานที่กรีนฮิลส์ "โซนิค" อยากจะพิสูจน์ตัวเองว่าเขาคือฮีโร่ที่แท้จริง การทดสอบเริ่มต้นเมื่อ "ดร.โรบ็อตนิค" กลับมาพร้อมกับพันธมิตรใหม่ "นัคเคิลส์" พวกเขากลับมาเพื่อตามหามรกตที่มีพลังในการทำลายโลก โซนิคจึงร่วมทีมกับ "เทลส์" โดยออกเดินทางท่องโลกด้วยกัน เพื่อตามหามรกตให้เจอก่อนที่มันจะตกไปอยู่ในมือของกลุ่มวายร้าย