ในปี ค.ศ. 1954 รัฐบาลสหรัฐอเมริกาได้รับรายงานถึงสิ่งมีชีวิตขนาดใหญ่ที่อาศัยอยู่ใต้ท้องมหาสมุทร จึงตัดสินใจทำลายมันด้วยระเบิดนิวเคลียร์แต่ปกปิดข่าวของมัน ให้กลายเป็นเพียงแค่ว่าเป็นการทดลองระเบิด ต่อมาเกิดแผ่นดินไหวครั้งใหญ่ซึ่งทำให้ภรรยาของดร.โจ โบรดี้ นักวิทยาศาสตร์ผู้เชี่ยวชาญด้านฟิสิกส์นิวเคลียร์เสียชีวิตลง ดร.โจ โบรดี้เชื่อว่า มันไม่ใช่แผ่นดินไหวธรรมดา แต่มีอะไรบางอย่างเคลื่อนไหวอยู่ใต้ดิน เขาค้นคว้าเกี่ยวกับเหตุการณ์ครั้งนั้นราวกับเป็นคนเสียสติจนผ่านไป 15 ปี ฟอร์ด นาวิกโยธินสหรัฐ ลูกชายเพียงคนเดียวของ โจ ได้รับโทรศัพท์แจ้งว่า โจ ถูกจับที่ญี่ปุ่นเนื่องจากพยายามบุกเข้าไปในพื้นที่ ๆ เกิดเหตุ ซึ่งปัจจุบันทางรัฐบาลญี่ปุ่นได้ปิดเป็นเมืองร้างไว้ 15 ปีที่ผ่านมา ในที่สุดทั้งโจและฟอร์ดก็ได้พบกับความจริง เมื่อได้เข้าไปในโครงการลับของรัฐบาล ที่พยายามปลุกไข่ของ มูโต สัตว์ประหลาดยักษ์ยุคก่อนประวัติศาสตร์ที่กินพลังงานนิวเคลียร์เป็นอาหาร เมื่อมูโตฟักเป็นตัว โจได้เสียชีวิตลง แต่มูโตไม่ได้มีเพียงตัวเดียว แต่ยังมีอีกตัวหนึ่งที่เป็นตัวเมีย และทั้งคู่ก็ส่งเสียงร้องหากัน โดยมี โกจิร่า หรือ ก็อตซิลลา สัตว์ประหลาดยักษ์ตัวเดียวกันกับที่รัฐบาลสหรัฐได้ยิงระเบิดนิวเคลียร์ใส่เมื่อปี ค.ศ. 1954 ดร.เซริซาว่า เชื่อว่ามันออกตามหาและล่ามูโตทั้งคู่ เพื่อควบคุมสมดุลของธรรมชาติ