เรื่องราวของ "อากาอิแฟมิลี่" ครอบครัวอันตราย ที่เต็มไปด้วยปริศนาและเชื่อมโยงกันอย่างซับซ้อนความสัมพันธ์ระหว่าง "อากาอิ ชูอิจิ" เจ้าหน้าที่สืบสวน FBI 'สไนเปอร์ชื่อดัง', "เซระ มาสึมิ" น้องสาวคนสุดท้องแห่งครอบครัวอากาอิ 'นักสืบสาวมัธยมปลาย', "ฮาเนดะ ชูคิจิ" 'โปรหมากรุก 7 มงกุฎ' และ "แมรี่" เด็กสาวผู้บอกว่าตนคือ 'น้องสาวนอกขอบเขต' ที่กำลังจะถูกเปิดเผย

เมื่อการเสียชีวิตของอากาอิ ชูอิจิที่สันเขาไรฮะกลายเป็นจุดชนวนที่ทำให้ "อามุโร่ โทรุ" หรือ 'เบอร์เบิ้น' ศัตรูเก่าพยายามเฟ้นหาร่องรอยของชูอิจิ จากคดีๆ หนึ่งของเอฟบีไอ ซึ่งอามุโร่ได้ตามสืบจากความสัมพันธ์ระหว่างอากาอิ ชูอิจิและ "โอกิยะ สึบารุ" คำตอบอันน่าตื่นตะลึงจึงค่อยๆ ปรากฏขึ้น การกลับมาจากความตายของชูอิจิ การเปิดเผยเบื้องลึกเบื้องหลังของ 'ข้อกล่าวอ้าง' แห่งความลับ และการปรากฏตัวของ "โคนัน" อันเป็นจุดเริ่มต้นของเรื่องราวอีกมากมาย การคลี่คลายปมปริศนา ร่องรอย และคำบอกใบ้มากมาย อันเป็นบทสรุปของครอบครัวต้องห้าม "ครอบครัวอันตรายที่จะมาเขย่าโลก!!"